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H+/K+ ATPase β由ATP4B基因编码，该蛋白含300个氨基酸，具有36个氨基酸的N端胞质结构域、一个跨膜结构域和一个高度糖基化的胞外结构域。H+/K+ ATPase β具有稳定H+/K+ ATPase α的功能，是H+/K+ ATP酶发挥其功能所不可或缺的一部分。胃H+/K+ ATP酶的两个亚基特异地表达于成熟壁细胞的管泡和触膜。H+/K+ ATPase β可作为胃底腺腺癌壁细胞的标记物，用于辅助胃底腺型胃癌的诊断。亦可作为喉癌患者预后评估的潜在指标。